Sí, se puede hacer, pero no puedo modificar este proyecto directamente porque aquí no tienes permiso de edición.
Para “sacar” las señales del microcontrolador a pines through-hole, la forma correcta en Flux es trabajar el proyecto como un part project: añadir terminales para los pines que quieras exponer y mantener el número de pin exactamente igual al datasheet; no se deben adivinar números ni nombres de pin
Te dejo un fork listo para abrir y seguir en tu propia copia: