Sí. Te conviene rutearlas en este orden:

Esto sale directamente del esquemático actual: hay 6 nets entre J1 y U1, y el flujo correcto es usar el esquemático como fuente de verdad y luego completar el cobre en PCB .

Ese orden ayuda porque primero limpias alimentación y retorno, y luego dejas las señales más fáciles de acomodar. Además, las airwires indican exactamente conexiones del esquemático que todavía no están rutadas en cobre, así que no necesitas rehacer nets: necesitas completar el ruteo en PCB .

Tu corto está aquí:

Así que antes de rutear bien:

Eso encaja exactamente con cómo deben interpretarse los datos del proyecto y las revisiones: primero inspeccionar el esquemático/layout reales y usar los errores de review para corregir faltas de ruteo o cortos físicos, no para reinventar la conectividad lógica

Si quieres, en el siguiente mensaje te doy una estrategia de ruteo paso a paso según la posición actual de J1 y U1, para que evites otra vez el cruce entre Net 2 y Net 3.