Estoy asumiendo que por "compuertas" te refieres a las compuertas NAND que tienes en tu proyecto con el IC SN7400N de Texas Instruments.
Para construir un flip flop SET RESET con compuertas NAND necesitas conectar las compuertas de la siguiente forma:
Usas dos compuertas NAND como bloques de entrada (compuertas de configuración) y dos compuertas NAND adicionales para formar el flip flop. Digamos que usas las compuertas 1 y 2 para la entrada, y las compuertas 3 y 4 para el flip flop.
Aquí están las conexiones:
Conecta 1A:1 a la entrada de RESET.
Conecta 2A:1 a la salida de SET.
Conecta la salida 1Y:1 a 3B:1.
Conecta 2Y:1 a 4A:1.
Conecta 3Y:1 a 2B:1 y a la salida de Q.
Conecta 4Y:1 a 1B:1 y a la salida de NOT Q.
Recuerda conectar VCC:1 a la fuente de alimentación positiva y GND:1 a tierra.
Una vez que hayas hecho estas conexiones, tendrás tu flip flop SET RESET formado con compuertas NAND en el IC SN7400N. Para luego meterlo en un subcircuito, simplemente seleccionas todas las partes y conexiones involucradas y haces clic derecho para seleccionar la opción "Crear subcircuito".
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1A:1a la entrada de RESET.2A:1a la salida de SET.1Y:1a3B:1.2Y:1a4A:1.3Y:1a2B:1y a la salida de Q.4Y:1a1B:1y a la salida de NOT Q.VCC:1a la fuente de alimentación positiva yGND:1a tierra.