現状、Fluxから KiCadでそのまま編集できる .kicad_sch / .kicad_pcb 形式への変換・エクスポートは対応していません。FluxのエクスポートはGerber、BOM、netlist、STEP、PDF、SVG、DXFなどが中心で、公式ドキュメントでもExportメニューの製造・3D・可視化向け形式が案内されています 。Source

KiCadで編集したい場合、Fluxから出せるデータは製造・参照用として使えますが、KiCadの回路図/PCB編集データとして直接開ける形式にはできません。